天水市供销合作社联合社机关内设六个科室。

办公室

办公室主要职责：承担机关日常事务和内外协调联络工作；负责重要会议、重大活动的组织协调工作；负责市委、市政府督查事项、批示批办事项及重大事项的协调督办落实；负责机关规章制度建设、绩效目标考核管理工作；负责机关组织人事、机构编制、劳动工资、档案管理、干部教育培训和离退休人员服务管理工作；负责机关党建、党风廉政、意识形态、精神文明建设、群团、信访维稳、应急、安保和后勤保障工作；负责综合材料起草、公文收发、机要保密、政务公开、印章管理和年鉴（大事记）编纂、《天水市供销合作社志》编印等工作；负责市社网站建设、网络安全、新闻宣传、舆情应对工作；负责机关办公设施、设备采购维护和资产管理工作。

监事会办公室

监事会办公室主要职责：拟订监事会有关规章制度，指导全市供销系统监事会组织建设；承担监事会日常工作；负责组织开展监事会调查研究、社情民意工作，了解并反映各监事对供销联社工作的意见和建议；负责监事会重要会议的组织，监事选举、增（替）补和沟通联络工作；对重点工作、财政资金使用，资产保值增值，社属企业重大投资、并购重组、项目建设、资产运营等进行监督。

财务审计科

财务审计科主要职责：负责贯彻落实财税政策法规，研究制定供销合作社财务管理制度；指导监督全市系统合作金融、财会、审计工作；负责机关经费收支和日常财务工作；负责机关固定资产账务管理、清查上报和政府采购信息节能减排报表审核、汇总和报送工作；负责市社预算绩效管理、绩效监控和绩效评价工作；负责全市系统财政专项资金使用、社有资产及经济效益审计监督；负责对市社机关领导人员的任期经济责任审计相关工作和市社重大经济事项稽查工作；负责本级财务监督、会计档案管理，指导、管理市社系统财务会计工作。

综合业务科

综合业务科主要职责：负责全市系统农村现代流通体系建设，制定全市系统流通业发展和农产品市场建设规划并组织实施；负责统计联网直报平台维护、数据汇总上报及经济运行分析工作；指导全市系统产业发展，开展农产品产销对接、市场体系建设、发展电子商务等，拓展经营领域；负责对重要农业生产资料、农副产品经营进行组织、协调、管理；负责全市系统再生资源回收利用体系建设和全域无垃圾治理工作；指导全市系统科技服务、农业生产资料、经营网络建设及社会化服务、现代流通技术应用等技术培训和职业技能鉴定；负责开展经济、贸易、技术等交流合作；负责全市系统普法宣传、安全生产、抗旱防汛、农业救灾等工作；指导全市系统社团发展和本级协会业务；负责人大代表提案、政协委员议案办理等工作。

合作指导科

合作指导科主要职责：负责基层组织服务体系建设，制定全市系统基层组织发展规划并组织实施；负责全市系统农业社会化服务体系建设和各类合作组织经营、农产品基地建设等的指导服务工作；指导参与农村“三变”改革，推动全市系统乡村振兴和产业融合发展；负责全市系统项目的储备申报、组织实施、资金管理、绩效评估、监督核查工作；建立健全工作评价机制和考核机制，承担县区供销社综合业绩考核；指导全市系统农村合作金融制度建设，负责市社本级合作发展基金的建立、运营、监管；负责推进农村资金互助合作和农村互助合作保险工作；负责全市系统国外贷款项目的协调管理工作:配合做好全市系统金融风险的防范与处置；负责基层组织负责人培训、信息统计上报工作。

产业科技科

产业科技科主要职责： 制定全市系统改革发展总体规划，推进全市供销合作社综合改革，指导县区联社健全“三会”制度；负责全市系统“三位一体”综合合作；制定招商引资项目计划，争取招商引资项目；负责全市系统生态项目、信息化建设等新兴产业发展；负责社有企业支撑体系建设，制定社有企业经营发展规划，组织实施社有企业改革、改制；负责全市系统社有企业人员、资产等统计工作；负责市社社有企业社会综治、法律诉讼、信访维稳、安全生产、应急处置等工作；负责联合社治理体系建设，指导监督社有企业改革发展和社有资产的管理和运营，承担社有资产管理委员会办公室职责。